La pintura de Ribalta ha recibido alabanza casi universal. De entre los autores antiguos, Jusepe Martinez encareció el dibujo, el color y la expresión de los apóstoles, y Palomino calificó la obra de «maravillosa». El cuadro ha inspirado también leyendas y anécdotas. Palomino, seguido de Ponz, Ceán y otros, relata que Vicente Carducho viajó a Valencia para ver el lienzo que luego imitó en su propia último Cena (ca. 1622-25) para la iglesia de Las Carboneras de Madrid. Benito especula que Carducho pudo haber visitado Valencia en 1603-04, donde vería la genovesa último Cena que precedió a la de Ribalta en el altar mayor. Las similitudes entre las versiones de Ribalta y Carducho serían entonces debidas al hecho de estar ambas inspiradas en la misma fuente italiana. Las obras, en efecto, comparten similitudes generales que mantienen abierta esta posibilidad. Todavia más estrechamente relacionada con la pintura de Ribalta está una versión posterior del tema por Jerónimo Jacinto Espinosa en Morella.

Orellana dice que San Andrés es un retrato de Pedro Muñoz (1520-1610), amigo y asociado de Juan de Ribera y fundador del monasterio cartujano de Ara Christi, cerca de Segorbe. Una comparación con el retrato al fresco de Muñoz en la capilla de Nuestra Señora de la Antigua en el Colegio prueba la exactitud de la declaración de Orellana. Éste relata también una anécdota según la cual la figura de Judas es la de un zapatero de Valencia con el que Ribalta tenía una enemistad personal. El zapatero, furioso de verse incluido en la guisa del archivillano Judas, se quejó al arzobispo Ribera, quien, según Orellana, ordenó que los rasgos de la figura fueran cambiados. Al final, no obstante, el zapatero recibió una indemnización y la imagen quedó intacta. La historia tiene un retintín fantasioso. No obstante, Judas y alguno de los otros apóstoles poseen rasgos individualizados.

Sabine Jacob ha postulado la influencia directa de la última Cena de Cigoli de 1591 en Empoli sobre esta obra de Ribalta, y por esta razón concluye que Francisco se hallaba en Florencia hacia 1600. Esta cuestión se aborda en una nota al texto. Darby ha relacionado la figura de Judas con un grabado de Cornelius Cort según la pintura de la última Cena de Livio Agresti en el oratorio del Gonfalone, Roma. Las posturas de ambas figuras son de hecho bastante similares, aunque en la pintura de Agresti Judas está sentado y no de rodillas. Darby ha notado asimismo una conexión entre la arquitectura del trasfondo de la pintura de Ribalta y la de Federico Zúccaro, la Flagelación, también en el Gonfalone. Sin embargo, no existe ningún grabado conocido de la obra de Zúccaro y existen entre las dos diferencias importantes. El entorno arquitectónico de Ribalta puede reflejar simplemente el ambiente de El Escorial, donde recibió aprendizaje y donde el mismo Zúccaro habla trabajado, y también el estilo arquitectónico de la iglesia misma del Colegio. No obstante, Benito ha visto la genovesa Última Cena que precedió a la imagen de Ribalta como el modelo para la arquitectura y para algunas de las figuras del cuadro de Francisco. Este autor también postula el uso de una xilografia anónima de la Cena, incluida en un misal de 1577 perteneciente al patriarca, como fuente para la mesa redonda utilizada en la pintura.

Alejos Morán (La Eucaristía en el arte valenciano, Valencia, 11, 1977, p. 117, número CXVIIII) ha identificado una pintura en Bocairente como un boceto para la última Cena del Colegio. Este boceto al óleo, las medidas del cual han sido incorrectamente registradas (mide 0,74 x 0,44 m), es una copia, probablemente de fines del siglo XVIII.

La nota final es para el crucifijo de madera (del que se piensa que es de fines del siglo XVI de origen alemán) albergado en el compartimiento del retablo detrás del cuadro de Ribalta que le sirve de cubierta. Fue adquirido en 1576 por el emperador Rodolfo, quien a su vez se lo dio a Doña Margarita de Cardona y Diatristán en 1584. En 1601 la dama se lo donó a Juan de Ribera, quien en las Constituciones del Colegio le reservó el lugar más importante de la iglesia. Según la leyenda, había caído una vez en las manos de iconoclastas protestantes, quienes, en vez de destruir la imagen, la aceptaron como objeto de veneración propia. Sin duda alguna, el arzobispo tenia las mismas esperanzas con respecto al destino del sacramento de la eucaristía entre los herejes.